Le suivi en phase chantier lors de la réalisation des aménagements, que ce soit en tracé neuf ou en réhabilitation, est une étape essentielle pour assurer leur efficacité. Il vise à corriger en temps réel les défauts ou imperfections pouvant rendre l'aménagement inutilisable par la Faune. En effet, les entreprises réalisant les travaux peuvent être confrontées à des contraintes locales non prévisibles, et l'assistance d'un expert faune est alors nécessaire pour proposer une solution adaptée aux espèces concernées.

Le GREGE a ainsi assuré le suivi en phase chantier de la réhabilitation des ouvrages hydrauliques en faveur de la faune terrestre pour l'élargissement à 2x3 voies de l’A63 entre Salles et Saint-Geours-de-Maremne, ainsi que pour l'Itinéraire à Grand Gabarit. En tracé neuf, le GREGE est intervenu sur le suivi chantier des ouvrages de la LGV SEA Tours-Bordeaux, ainsi que de l'A65 Pau-Langon.